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借助k疗法全球推广形成的网络和影响力,大规模样本征集在世界范围内展开。
国内各大医院的肿瘤细胞样本快送往三博研究所。在格里芬、罗伯特、约翰内森、奥古斯特、曼因斯坦、高桥等人的积极运作下,从安德森癌症中心到欧洲分子生物学实验室,从日本国家癌症中心到澳大利亚的偏远研究所,贴着特殊生物危险标识和加密条码的低温运输箱,如同朝圣般由国外汇聚到三博研究所。
它们带来了胶质母细胞瘤的侵袭前沿组织、三阴性乳腺癌的循环肿瘤细胞团、食管鳞癌的转移淋巴结、甲状腺未分化癌的罕见活检标本、甚至包括一些连原单位都难以分类的疑难肿瘤样本。每一份样本都附带尽可能详尽的临床病理信息和初步分子分型数据。
杨平站在实验室,宋子墨站在一旁,汇报着最新进展。
“截止今早八点,已入库并完成初级质控的实体瘤样本达到4876例,覆盖了世界卫生组织分类中92%的实体瘤主要类型和过3oo种罕见亚型。高通量表面蛋白组学分析平台已全运转,第一批12oo例样本的初步抗原谱已经生成。陆小路那边,冷冻电镜的排期已经排到了六个月后,他们正在优化自动化制样和预筛选流程,处理通量提升了三倍。”
杨平微微点头:“样本不是数字,是钥匙孔。每一个独特的肿瘤都在用它的表面分子组合向我们展示tIm家族在这个个体、这种环境下的具体表达形态。我们要找的不是共性,是共性的语法。”
随着样本的增多,杨平也忙碌起来,他整天几乎泡在实验室,很晚才回家。
白天,他穿梭于各个平台之间,与陆小路讨论某个肉瘤样本表面异常tIm结构的低分辨率轮廓,与唐顺争论聚类算法的参数设置,亲自检查表面蛋白荧光标记的数据质量。
夜晚,他则沉浸在办公室,里面的智能屏幕上面流动着数以万计的蛋白质结构预测图、相互作用网络和演化树模型。
蒋季同偶尔会被叫进去帮忙整理数据或操作可视化软件。他震惊于杨平大脑处理多维度信息的能力。杨平可以同时观看十几个肿瘤类型的tIm候选结构比对,指出某个环区转角角度的系统性差异可能与胚胎起源层相关;能在纷乱的基因共表达网络中,瞬间识别出某个非编码Rna可能调控着一组tIm成员的表达;甚至能从临床预后数据里,反推出某种tIm构象变体可能赋予癌细胞对缺氧微环境的特殊耐受性。
过8o%的实体瘤样本都检测到了具有那特征性核心折叠模式的表面蛋白复合物。它们像是一个庞大建筑群中使用同一种基础构件搭建出的不同风格楼宇。然而,这些构件是如何被癌细胞选中的?它们之间的内在联系究竟是什么?仅仅是结构相似,还是共享某种更底层的调控逻辑或功能枢纽?
更让杨平夜不能寐的,是关于“钥匙”
族系的思考。
如果tIm是锁,k因子是钥匙,那么这把钥匙的工作原理究竟是什么?最早的k因子完全是在偶然的状态下现,然后k因子注入人体后可以自动找到对应的身份锁。说明k因子在某种条件下肿瘤细胞可以自我分泌或者参与构建。
难道k因子不仅仅是标记物或干扰剂?难道它触的是癌细胞内部某个原本就存在、但被深深压抑或绕过的终结程序?
这个想法让杨平脊背凉。如果癌细胞本身就携带着自我毁灭的开关,只是被tIm系统维持的身份幻象和异常信号所屏蔽,那么治疗的本质可能不是从外部攻击,而是从内部唤醒。
这么说来,k因子治疗骨肉瘤的过程实际上是一个唤醒的过程,并不是歼灭,它只不过唤醒了肿瘤细胞的自毁程序。
这个现让杨平思路豁然开朗,他的目光聚焦在三个案例上,异常兴奋。
一份来自北欧的、极其罕见的儿童软组织肉瘤样本。对这种侵袭性极强、几乎无药可治的肿瘤,k因子在体外实验中也展现了近乎奇迹的效果,过7o%的肿瘤细胞在48小时内生典型的凋亡形态改变。但进一步分析现,这种凋亡不依赖于经典的caspase通路,而是伴随着线粒体膜电位的剧烈震荡和一种非典型的染色质凝集。
另一份对免疫检查点抑制剂获得性耐药的晚期黑色素瘤样本,标准k因子结合力下降。然而,当使用一种根据其tIm变体微调的针对性的改良k因子时,不仅恢复了结合,还意外地重新增敏了肿瘤细胞对原有免疫治疗的敏感性。似乎k因子结合改变了肿瘤细胞的免疫可见度。
还有一份来自凯瑟琳团队后续提供的、对pac-Fus1靶向k因子产生早期耐药的胰腺癌类器官。耐药细胞的tIm结构并未消失,但其周围的屏蔽蛋白网络变得更加复杂。然而,当使用一种设计了跨膜结构域、能部分穿透细胞膜的增强型k因子变体时,竟在细胞内观察到了pac-Fus1融合蛋白被异常定位和聚集,最终被自噬途径清除的现象。
三个案例,三种不同的tIm变体,三种不同思路对k因子进行改良,引了三种不同的、但都出单纯标记效果的生物学结局。
杨平将三份报告的数据流导入一个全新的分析模型,这个人工智能模型不再仅仅关注结构,而是试图整合动态信号流、能量代谢状态和表观遗传景观。
他构建了一个简化的理论框架:将tIm视为癌细胞“身份状态”
的“感受器-射器”
集成模块。这个模块持续接收内外部信号,并输出维持癌细胞特定生存状态的指令。
而k因子,或许可以被理解为一种“强制性信号模拟器”
或“系统干扰子”
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