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杨平直接蹦出一句。
宋子墨愣了一下:“教授,您是说所有类型?这数据量和对齐分析的工作量……”
“我知道,非常巨大。”
杨平打断他,他将自己的a4纸草稿推到宋子墨面前,“但我怀疑我们撞到了什么东西的边界,不是一个点,而是一个面,甚至一个体系。”
办公室安静下来,唐顺盯着那a4纸,呼吸逐渐加快,他比任何人都清楚,这种拓扑结构的相似性如果成立且具有普遍性,意味着什么。
而且,三人都明白,每次教授出手a4纸草稿的时候意味着什么。
“这……这像是现了蛋白质结构世界里的一个‘暗物质家族’。”
陆小路喃喃道,“表面序列千差万别,但核心折叠和功能口袋被保留了下来,如果不是放在一起、用这种方式看,绝对现不了。”
“所以我们需要更多证据。”
杨平转向宋子墨,“联系全世界所有能联系的医院与研究机构,特别是那些拥有独特肿瘤细胞系或类器官库的,请求他们提供表面蛋白组学数据和尽可能多的结构信息。”
“我马上联系安德森的凯瑟琳博士那边?”
格里芬说。
“她的pac-Fus1样本非常重要,我们需要更多,我们还需要其他更多的样本,我刚说的所有的样本,越多越好,一个安德森远远不够,我们需要更多的支持者。”
杨平的语气平淡却不容置疑。
格里芬医生立即问道:“教授,从临床角度看,如果这个‘族系’假说成立,会改变什么?”
杨平转过身,在白板上画了一个大树状的图:“想象这是一棵肿瘤身份锁的进化树,树根可能是那个古老的细胞识别模件。不同的树干分支代表不同的肿瘤大类,如上皮来源、间叶来源。更细的分枝代表亚型、甚至个体患者的变异。”
他指着树的不同位置:“传统靶向治疗,就像试图砍掉某一根细枝,如egFR突变,但树还会从别处芽。免疫检查点抑制剂,像是给整棵树喷除草剂,但可能伤及土壤——自身免疫,而我们的k疗法……”
他停顿了一下,在树的几个关键分枝上画了圈:“如果k因子是钥匙,那么每一把特定的钥匙,理论上可以打开对应分枝上的锁。但如果我们能理解整个锁具系统的构造原理、进化规律和核心弱点……”
他用力在树的主干和几个关键连接点上打了叉:“我们也许能设计出能破坏主干连接点的万能钥匙,或者能诱导整个识别系统崩溃的干扰码,那就不再是逐个击破,而是动摇其根基,即使做不到这一点,我们也能用一串钥匙去打开所有枝干的锁。”
实验室一片寂静,这个目标太大,大到有些骇人。
接下来,实验室进入了前所未有的高运转模式,三博研究所的号召力非常惊人。大量的数据从全球各地涌来:乳腺癌的heR2相关复合物新构象、胶质母细胞瘤的特异性膜蛋白簇、结肠癌的独特糖基化表面抗原结构……
实验团队利用冷冻电镜和算资源开了新的结构比对算法,能够忽略序列差异,直接搜索拓扑相似性。结果令人震撼:在过六十种具有明确类型特异性的实体瘤表面标志物结构中,过百分之七十显示出与panc-Id1核心折叠不同程度的相似性!相似度最高的集中在育起源相近的肿瘤中,但即使起源迥异的肿瘤之间,也找到了微妙的、却绝非偶然的结构呼应。
更关键的是,在几个案例中,他们现了这些“锁具”
与肿瘤恶性程度、转移倾向的相关性。某种“锁具”
的构象变体,似乎与癌细胞获得侵袭能力、抵抗凋亡或塑造免疫抑制微环境直接相关。
杨平把自己关在办公室里的时间越来越长,他要利用系统空间实验室获取资源的即时性和海量的时间优势,对这些肿瘤细胞的某种隐藏规律进行全面的研究。
慢慢地,白板上画满了复杂的族系关系图、结构演化路径和假想的“钥匙-锁”
相互作用模型。
他正在从海量的、杂乱的结构生物学数据中,提炼出一条清晰的逻辑链。
办公桌上的a4纸草稿也越来越多。
仅仅是几天后,他再次团队成员的时候,身后那块白板写满了符号和箭头,外人看来如同天书。
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